法人プランのチーム管理者アカウントを、1アカウントとしてカウントしないようにできますか？

いいえ、できません。

管理者も1名としてカウントされます。

例）1名をチーム管理者アカウント、残り2名をチームメンバーアカウントとした場合、3名分の料金が発生致します。